利用氣相色譜對混合物有較強的分離能力，在氣相色譜/質(zhì)譜聯(lián)用儀中，氣相色譜儀是作為質(zhì)譜儀的進樣裝置，使混合物進入離子源之前，先經(jīng)氣相色譜儀的分離，各組分按時間順序進入離子源，所產(chǎn)生的離子經(jīng)質(zhì)譜儀不斷進行掃描測量，得到各化合物的總離子色譜圖和對應(yīng)的特征譜圖，這樣可以進行定性和定量分析。由于聯(lián)用儀實現(xiàn)了時間和質(zhì)量的分辨，因此，可以分析含有幾十種甚至上百種組分的混合物。
       氣相色譜/質(zhì)譜聯(lián)用儀能推斷出化合物可能的結(jié)構(gòu)式，對脂類及芳香油等復(fù)雜樣品尤為適用。它所進行的定性定量分析涉及到十分廣泛的領(lǐng)域，如食品化學(xué)、植物化學(xué)、石油化學(xué)、高分子化學(xué)、金屬有機化學(xué)、化工、農(nóng)藥、醫(yī)學(xué)、環(huán)保、昆蟲學(xué)、毒物學(xué)等。在紡織檢測領(lǐng)域也應(yīng)用氣相色譜/質(zhì)譜聯(lián)用儀檢測偶氮染料的含量等。